孕妇在妊娠早期，由于胎儿的各个器官尚未发育完成，因此孕妇患了流感后，病毒可能通过胎盘而影响胎儿器官的发育，特别是在胎儿心血管系统形成过程中，这种病毒可致婴儿先天性心脏病。
此外，孕妇妊娠期间患流感，还可造成胎儿唇裂等畸形。感冒所造成的高热和产生的毒素，也可刺激子宫收缩，而引起流产或早产。