法律分析：公司恶意克扣员工工资，可以与公司协商解决。协商不成，可以打12333全国统一劳动保障热线投诉，投诉时需要实名投诉，提供本人的姓名和身份证号码；第二种方式是到当地劳动局、人力资源和社会保障局的劳动监察大队举报，寻求调解组织进行调解；以上方式无法满意解决问题，你可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，向当地人民法院提起诉讼。
法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》
第四条 【劳动争议当事人的协商和解】发生劳动争议，劳动者可以与用人单位协商，也可以请工会或者第三方共同与用人单位协商，达成和解协议。
第五条 【劳动争议处理的基本程序】发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
第七十四条 【劳动行政部门监督检查事项】县级以上地方人民政府劳动行政部门依法对下列实施劳动合同制度的情况进行监督检查：
（一）用人单位制定直接涉及劳动者切身利益的规章制度及其执行的情况；
（二）用人单位与劳动者订立和解除劳动合同的情况；
（三）劳务派遣单位和用工单位遵守劳务派遣有关规定的情况；
（四）用人单位遵守国家关于劳动者工作时间和休息休假规定的情况；
（五）用人单位支付劳动合同约定的劳动报酬和执行最低工资标准的情况；
（六）用人单位参加各项社会保险和缴纳社会保险费的情况；
（七）法律、法规规定的其他劳动监察事项。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容