入职签合同时约定了违约金是合法的，对于劳动者违反约定的应当按照约定向用人单位支付违约金，违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，另外涉及到保密义务的违约行为也需要支付违约金。
入职签合同时约定了违约金是合法的，但法律上规定了在两种条件下才能约定由劳动者承担违约金，即只有在规定约定服务期和竞业禁止的条件下才能约定由劳动者承担违约金。
【法律依据】:
1、《劳动合同法》第二十二条规定:用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。可见，如果用人单位没有为劳动者提供专项培训费用的，就不需要承担违约金。
2、《劳动合同法》第二十三条规定:用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。签订了保密协议，应当自觉遵守，这个是陷阱，应当引起注意的。
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