休年假扣全勤奖不合法。国家实行带薪年休假制度，劳动者的带薪年休假属于劳动者的法定待遇。休年假的员工可以拿全勤奖，用人单位不能以员工休年假为由而扣其全勤奖。休年假享受与正常工作期间相同的工资收入，不应影响全勤考核或全勤奖。
《职工带薪年休假条例》第二条 机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假(以下简称年休假)。
单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
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