1、企业将款项存入清算代理机构时：
借：结算备付金（或证券清算款科目）
贷：银行存款
若买入证券成交总额大于卖出证券成交总额时：
借：代理买卖证券款
贷：结算备付金
若卖出证券成交总额大于买入证券成交总额时：
借：结算备付金
贷：代理买卖证券款
2、企业从清算代理机构划回资金时：
借：银行存款
贷：结算备付金（或证券清算款科目）
企业的证券清算款一般通过“结算备付金”科目以及“银行存款”等科目进行处理，其中“结算备付金”科目主要用于核算证券企业为证券交易的资金清算与交收而存入指定清算代理机构的款项。